Det er to kilder for de hvite-blå-røde fargene til det slovenske nasjonale flagget. For sitt nasjonale etniske banner hadde Slovenia vedtatt en kopi av det russiske flagget for å vise solidaritet med andre slaviske folk på tidspunktet for Napoleonskrigene. Enda tidligere hadde imidlertid den hellige romerske keiseren bevilget et våpenskjold til «Kronelandet Carniola», som da var en del av imperiet. Dette våpenskjoldet hadde et hvitt skjold med en blå ørn med en rød-hvitt rutete halvmåne på brystet. Et annet viktig våpenskjold i slovenske historie var det som ble brukt av fylket Celje - et blått skjold med tre gule stjerner. Til slutt, under det kommunistiske regimet på 1900-tallet, hadde våpenskjoldet i Slovenia blå og hvite bølgete horisontale linjer som antydet Adriaterhavskysten i landet, samt et stilisert tre-topp fjell — Slovenias høyeste, den berømte Triglav.
Slovenia proklamerte sin uavhengighet 25. juni 1991, men måtte kjempe mot den jugoslaviske hæren for å etablere sin suverenitet. Flagget hevet på uavhengighetsdagen var den tradisjonelle hvitblå-røde pan-slaviske trikoloren. For å skille det fra de lignende flaggene fra Russland og Slovakia, ble den nye våpenskjoldet fra Slovenia lagt i det øvre heisehjørnet som overlappende de hvite og blå stripene. Dette skjoldet har en kombinasjon av Triglav og bølgete striper av kommunistarmene med de gule stjernene på blå bakgrunn fra Celje-skjoldet.
