Kootenay River, også stavet Kootenai, strøm i det vestlige Nord-Amerika, som stiger i Rocky Mountains vest for Banff, Alta., Can. Den flyter sørover gjennom Kootenay nasjonalpark i British Columbia, Canada, og bryter ut av Rockies for å strømme generelt sørover i Rocky Mountain-grøften. Den svinger sørover inn i Montana, USA, i en bred U-formet sløyfe og deretter nordover inn i Idaho og tilbake til Canada før den utvides til den lange, smale Kootenay-sjøen i British Columbia; fra den vestlige armen av innsjøen renner den inn i Columbia River ved Castlegar.
Omtrent 130 miles (210 km) av elven på 485 kilometer (780 kilometer) er i USA. Kootenay faller 111 fot på 40 m mellom Kootenay-sjøen og Columbia-elven. I dette avsnittet leverer flere dammer strøm til basismetallverk og raffineri ved Trail, BC. Elven er farbar fra Bonners Ferry, Idaho, til Nelson, BC
Kootenay, som ble utforsket i 1807 av den britiske pelshandler David Thompson og en gang kalt Flat Bow, stammer navnet fra et indisk ord som betyr "vannfolk."
