J. Edgar Thomson, (født 10. februar 1808, Springfield Township, Pa., USA - død 27. mai 1874, Philadelphia), amerikansk sivilingeniør og president for Pennsylvania Railroad Company som konsoliderte et nettverk av jernbanelinjer fra Philadelphia til forskjellige byer i Midtvest og Sør, og strekker seg så langt som Chicago og Norfolk, Va.
Thomson meldte seg inn i Pennsylvania ingeniørkorps klokken 19. På det tidspunktet undersøkte korpset den beste banen for en jernbanelinje fra Philadelphia til Columbia. I 1830 ble han sjef for ingeniørdivisjonen for Camden & Amboy Railroad i New Jersey. Fra 1832 til 1847 var han sjefingeniør for Georgia Railroad, som konstruerte en Atlanta-til-Augusta-linje, den lengste linjen som ble bygget av ett selskap frem til den tiden.
I 1846 ble Pennsylvania Railroad chartret for å bygge et jernbanesystem som ville tillate Pennsylvania å konkurrere med New York og andre østlige stater når det gjaldt drift av handelslinjer mot vest. Innleid som sjefingeniør for jernbanen i 1847, var han president i 1852 og hadde den stillingen til hans død. Ved nøye valg av ruten og plasseringen av Horseshoe Curve, fullførte Thomson en gjennomgående linje som krysset Alleghenies og Appalachians uten å bruke skrå karakterer. Linjens tjeneste Philadelphia til Pittsburgh begynte i februar 1854.
I løpet av de neste 20 årene utvidet Thomson linjen vestover, og opprettet Pennsylvania Company i 1870–71 for å leie og utvikle systemer fra Pittsburgh til Chicago. Han presset også øst og sør, leaset linjene til United Companies of New Jersey i 1871 og skaffet seg en interesse i det sørlige jernbanesikkerhetsselskapet i 1873. For å etablere Philadelphia som et senter for transatlantisk handel, hjalp han med å opprette American Steamship Company i 1870.
I tillegg til å utvide Pennsylvania Railroads linjer enormt, introduserte Thomson en rekke forbedringer til jernbanenæringen, inkludert et system for håndtering av passasjerbagasje og bruk av stål i stedet for jernskinner.
