Tradisjonelt antas lyden av torden i de mange fjellene og dalene i Bhutan være stemmen til drager, og landet er kjent som “Land of the Thunder Dragon” på morsmålet. Flaggens drageutforming kan imidlertid ha blitt påvirket av lignende design som ble brukt i århundrer av nabolandet kinesere. I klørne griper dragen på flagget juveler og står for nasjonal rikdom og for fullkommenhet. Dragen, som opprinnelig var grønn, er nå hvit, og symboliserer renhet og lojalitet fra forskjellige etniske grupper i landet. Den gul-oransje fargen, som den bhutanske regjeringen offisielt beskriver som gul, er symbolsk for kongens makt, som sjef for den sekulære regjeringen, mens den oransjerøde er forbundet med Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) og Rnying-ma-pa (Nyingmapa) buddhistiske sekter og med nasjonens religiøse engasjement.
Den nøyaktige datoen for innføring av dette flagget er ukjent, men det kan ha skjedd i 1971 da Bhutan ble medlem av De forente nasjoner. Fram til 1960-tallet var Bhutan stort sett lukket for omverdenen; dets utenlandske forbindelser hadde blitt ført gjennom Storbritannia (1910–49) og av India (fra 1949 til 1960-tallet). Bhutans isolasjon og mangel på sjøkyst begrenset strengt omstendighetene under hvilket et nasjonalt flagg var nødvendig.
