Gananoque, byen, sørøst for Ontario, Canada. Det ligger langs St. Lawrence River ved munningen av Gananoque River. Byen ble grunnlagt av Charles McDonald, som bygde en mølle der i 1812 og senere la byen ut. Navnet sies å bety "bergarter som stiger opp av vannet." Byen ligger 29 km nordøst for Kingston og i nærheten av Thousand Islands National Park. Gananoque har blitt et populært feriested og inngangsport til tusenøyene. Det er også en produksjonsby med metallverk (kobber og stål), meierier og et bildeler. Pop. (2006) 5 285; (2011) 5194.
