Det første virkelig nasjonale flagget fra Samoa ser ut til å ha blitt adoptert 2. oktober 1873. Den røde bakgrunnen bar et hvitt kors som strekker seg til kantene av flagget, samt en hvit stjerne i det øvre heisehjørnet. Symbolikken er ukjent, men korset og stjernen kan ha stått for henholdsvis kristendom og uavhengighet. Kong Tamasese, som favoriserte tyskerne som besøkte området, modifiserte senere det nasjonale flagget ved å plassere et svart kors på toppen av det hvite, og ga de tyske rød-hvit-svarte farger til Samoa. Dette flagget var i bruk fra 1886 til 1889, men det opphørte å bli brukt etter Tamasese død. USA og Tyskland delte øyene i 1900 og etablerte separate protektorater der lokale flagg ikke ble oppmuntret.
På begynnelsen av 1900-tallet ble det tidligere tyske territoriet administrert av New Zealand. Det ble utviklet et lokalt flagg for disse øyene som reflekterte det newzealandske flagget i dets rød-hvite-blå farger, sørkors-stjernebildet og felt-og-kanton-design. Det nye samoanske flagget ble introdusert 26. mai 1948 og var rødt med fire hvite stjerner på en blå kanton; 24. februar 1949 ble en femte stjerne lagt til. Sørkorset har vært et populært flaggemblem i andre land på den sørlige halvkule. Det brukes for eksempel av Australia, New Zealand og Brasil. I det samoanske flagget sies hvitt å stå for renhet, blå for frihet og rød for mot. Det ble ikke gjort noen endring i nasjonsflagget da landet ble uavhengig 1. januar 1962.
