Før Kosovo erklærte uavhengighet 17. februar 2008, hadde det aldri hatt den politiske statusen som tillot det et eget flagg. Etter andre verdenskrig ble Kosovo innlemmet i sosialistiske Jugoslavia som en autonom region (senere autonom provins) i republikken Serbia. Den føderale regjeringen autoriserte flagg bare for de flere jugoslaviske konstituerende republikkene. Imidlertid fikk etniske albanere som bodde i Kosovo til slutt å fly det albanske flagget.
Kosovo forble en del av Serbia etter oppløsningen av sosialistiske Jugoslavia på begynnelsen av 1990-tallet, men en separatistbevegelse i provinsen fikk styrke gjennom tiåret. I 1998 foretok Serbia straffeaksjon mot separatister i Kosovo, som i 1999 ble motarbeidet av den nordatlantiske traktatorganisasjonen (NATO). Kosovo ble satt under FNs administrasjon, som forble der etter Kosovos 2008 uavhengighetserklæring inntil de stort sett ble erstattet i 2009 av tjenestemenn i Den europeiske union (EU). Serbia og et stort antall andre land forble imot den uavhengighetserklæringen.
Det ble avholdt en formell konkurranse for å velge et nasjonalt flagg for Kosovo. Mange av oppføringene var basert på utformingen av det albanske flagget, enten direkte eller indirekte. Det valgte mønsteret - påvirket av EU-flagget - ga en klar uttalelse som understreket Kosovo som et multietnisk land. EU-flaggets blå og gule farger ble brukt til henholdsvis flaggets bakgrunn og silhuett av det nasjonale territoriet, og EU-flaggets sirkel av hvite stjerner ble parallelt i buen av hvite stjerner på Kosovo-flagget. Stjernene sies å stå for de seks dominerende etniske gruppene i landet (albanere, bosniakker, Gorani, Roma, serbere og tyrkere). Imidlertid fortsatte etniske albanske og serbiske innbyggere i Kosovo å bruke sine respektive nasjonale flagg.
