Det ledende tradisjonelle symbolet på Burundi var en gammel tromme, Karyenda, som hadde semidivinstatus. Mwamien (“herskeren”) alene kunne tolke meldingene fra Karyenda og omforme dem til samfunnsregler. Karyenda ble dermed valgt som et symbol for det nasjonale flagget da Burundi dukket opp fra belgisk kolonistyr. Det ble også vist en sorghumplante som representerer et hovedprodukt fra landbruket i Burundi. Trommelen og planten dukket opp på den sentrale hvite disken til flagget som ble autorisert av mwamien 30. mars 1962, og heiste 1. juli da uavhengighet ble oppnådd.
Flaggbakgrunnen innlemmet en hvit saltire, en designidee som kan ha blitt lånt fra Belgia (den spanske Nederland), hvis kryssing av Burgund var et vanlig flaggmotiv fra 1600-tallet. Den hvite fargen på saltire og sentralskive symboliserte fred. De resterende områdene var røde, for uavhengighetskampen og nasjonens lidelser, og grønne, for håp om fremtidig utvikling. Etter at monarkiet ble styrtet i november 1966, ble Karyenda fjernet fra flagget. En ny design, som nylig ble bekreftet ved dekretet 27. september 1982, ble offisiell 28. juni 1967. De tre sekspisse stjernene med røde med grønne grenser tilsvarer det nasjonale mottoet, "Enhet, arbeid, fremgang." For mange husker de utvilsomt de tre viktigste etniske gruppene i Burundi - tutsiene, hutuene og twaen - og lojaliteten som burundere en gang lovet til sin gud, konge og land.
