Taksonomiske systemer
Taksonomi, vitenskapen om å klassifisere organismer, er basert på fylogeni. Tidlige taksonomiske systemer hadde ikke noe teoretisk grunnlag; organismer ble gruppert etter tilsynelatende likhet. Siden publiseringen i 1859 av Charles Darwins On the Origin of Species by Means of Natural Selection, har taksonomi imidlertid vært basert på de aksepterte påstandene om evolusjonær avstamning og forhold.
Dataene og konklusjonene om fylogeni viser tydelig at livets tre er et produkt av en historisk evolusjonsprosess, og at grader av likhet i og mellom grupper tilsvarer grader av forhold etter avstamming fra vanlige forfedre. En fullt utviklet fylogeni er viktig for å utvikle en taksonomi som gjenspeiler de naturlige forholdene i levende ting.
Bevis for spesifikke fylogenier
Biologer som postulerer fylogenier, henter sitt mest nyttige bevis fra feltene paleontologi, komparativ anatomi, komparativ embryologi og molekylær genetikk. Studier av molekylstrukturen i gener og den geografiske fordelingen av flora og fauna er også nyttige. Den fossile posten brukes ofte for å bestemme fylogeni av grupper som inneholder harde kroppsdeler; den brukes også til å datere divergenstider for arter i fylogenier som er konstruert på grunnlag av molekylær bevis.
De fleste dataene som brukes til å foreta fylogenetiske vurderinger, kommer fra komparativ anatomi og fra embryologi, selv om disse raskt blir overgått av systemer konstruert ved hjelp av molekylære data. Ved å sammenligne funksjoner som er felles for forskjellige arter, prøver anatomister å skille mellom homologier, eller likheter som er arvet fra en felles stamfar, og analogier, eller likheter som oppstår som svar på lignende vaner og levekår.
Biokjemiske undersøkelser som ble utført i siste halvdel av det 20. og den tidlige delen av det 21. århundre, bidro med verdifulle data til fylogenetiske studier. Ved å telle forskjeller i sekvensen av enheter som utgjør proteiner og deoksyribonukleinsyre (DNA) molekyler, har forskere utviklet et verktøy for å måle i hvilken grad forskjellige arter har avviket siden de utviklet seg fra en felles stamfar. Fordi mitokondrielt DNA har veldig høye mutasjonsrater sammenlignet med kjernefysisk DNA, har det vært nyttig for å etablere sammenhenger mellom grupper som har divergerte den siste tiden. I hovedsak tilsvarer anvendelsen av molekylær genetikk på systematikk bruken av radioisotoper i geologiske dateringer: molekyler endres i forskjellige hastigheter, med noen, som mitokondriell DNA, som utvikler seg raskt og andre, som ribosomal RNA, utvikler seg sakte. En viktig forutsetning da å bruke molekyler for fylogenyrekonstruksjon er å velge det aktuelle genet for alder av taxonet som studeres.
