Martin H. Rathke, (født 25. august 1793, Danzig, Preussen [nå Gdańsk, Pol.] - død 3. september 1860, Königsberg [nå Kaliningrad, Russland]), tysk anatomist som først beskrev gjellespaltene og gjellbuene i embryoene fra pattedyr og fugler. Han beskrev også først i 1839 den embryonale strukturen, nå kjent som Rathkes pose, hvorfra den fremre flokken i hypofysen utvikler seg.
Rathke avsluttet en 10-årig medisinsk praksis i hjembyen da han ble professor i fysiologi ved University of Dorpat og senere (1835) professor i zoologi og anatomi i Königsberg. En fremragende embryolog, Rathke trodde gjellbuene var rester av forfedrende gjeller, men han anerkjente også deres betydning i den senere utviklingen av de tilknyttede blodkarene. Rathke gjorde også banebrytende forskning innen marin zoologi. Han ble valgt til stipendiat i Royal Society i 1855.
