På 1900-tallet ble de to territoriene som endelig ble koblet sammen på Papua Ny-Guinea administrert av tyskerne, britene og australiere. De koloniale regjeringene hadde ingen offisielle symboler av lokal relevans, selv om et foreslått våpenskjold for tysk Ny Guinea - aldri adoptert på grunn av Tysklands engasjement i første verdenskrig - inneholdt et paradis for fugler. I 1962 innlemmet et lokalt flagg også et fugl-av-paradis. Det originale designet, brukt av et idrettslag, var grønt og inneholdt en naturalistisk fugl gjengivelse i nærheten av heisen. Senere utviklet kolonialadministrasjonen en vertikal trikolor av blå-gulgrønn som et mulig fremtidig nasjonalflagg. Sørkorset dukket opp i form av fem hvite stjerner på heisestripen, og en hvit silhuett av paradisets fugl var representert på den grønne stripen. Stjernene minnet om de i det australske nasjonalflagget.
Øboere var ikke begeistret for forslaget, men regjeringen fikk et utkast til design fra en ung student, Susan Karike, som fant bred støtte. Paradisets fugl og stjernebildet ble beholdt, selv om den førstnevnte var gul i stedet for hvit. Flaggbakgrunnen ble endret radikalt: to farger, rød og svart, ble valgt fordi de er mye omtalt i lokal kunst og klær. Den diagonale inndelingen ga bedre balanse til designet og gjorde flagget unikt. Det nasjonale parlamentet anerkjente flagget 11. mars 1971, og bruken ble utvidet til skip registrert i Papua Ny-Guinea da landet ble uavhengig 16. september 1975.
