Uavhengighet for Mellom-Amerika ble først utropt den 15. september 1821, men Mexico dempet deretter området i to år. Flagget til de nylig uavhengige Forente provinser i Mellom-Amerika ble adoptert 21. august 1823 og besto av blå-hvite-blå striper med det nasjonale våpenskjoldet i sentrum. Disse armene inkluderte i utgangspunktet de samme designelementene som Nicaragua bruker i dag. Selv etter at de fem medlemslandene i føderasjonen ble uavhengige land, fortsatte Nicaragua å heise det gamle flagget. Til slutt, i 1854, ble en ny horisontal Nicaraguansk trikolor av gul-hvit-skarlagen valgt, men den flyr ikke så lenge. Borgerkrig og intervensjon fra nordamerikanske filibustere (militære eventyrere) resulterte senere i at en rekke flagg ble introdusert og raskt erstattet.
I 1908 ble det gamle forbundsflagget tatt opp igjen som Nicaraguas nasjonale banner, med passende modifikasjoner i våpenskjoldet. Denne grunnleggende utformingen, med ytterligere endringer i våpenskjoldet, ble bekreftet av loven 27. august 1971, selv om den rød-svarte horisontale fargen fra Sandinista-bevegelsen de facto var et sekundært nasjonalflagg i løpet av årene Sandinista-styret (1979) -90). Våpenskjoldet på flagget inkluderer en trekant for likhet, en frihetshette for frihet og fem vulkaner mellom to hav, symbolsk for de fem opprinnelige Mellomamerikanske land mellom Atlanterhavet og Stillehavet bassenger.
