Da sovjeterne kom til makten i Vest-Turkestan, og lovet likhet og utvikling for alle etniske grupper, fikk kirgiserne en egen autonom region i 1924. I 1926 ble den hevet til status som en autonom republikk, og i 1936 ble det en union republikk i Sovjetunionen I 1953 vedtok Kirgiz SSR en modifisert versjon av den sovjetiske røde banneren ved å legge en hvitkantet blå horisontal stripe gjennom sentrum. Etter at Kirgisistan forkynte sin uavhengighet 31. august 1991 fortsatte den å bruke sitt sovjetiske flagg til 3. mars 1992.
Bakgrunnen til det nye flagget, som fortsatt brukes i dag, er også rødt, men dette sies å stamme fra et flagg fraktet av den kirgisiske nasjonale helten, Manas the Noble. I sentrum av flagget er en gul sol med 40 stråler, tilsvarende tilhengere av Manas og stammene han forente; dens ytterligere symboliske attributter er lys, adel og evighet. På den solen er et rød-gult emblem med to kryssede sett med tre linjer hver, alt innenfor en ring. Dette er en stilisert utsikt over taket til det tradisjonelle kirgisiske hjemmet, yurt. Få kirgiser bor fortsatt i yurts, men frem til midten av 1900-tallet satte et flertall av dette nomadiske folket opp yurter uansett hvor de reiste. Den symbolske betydningen av dette designet er forseggjort: flaggloven snakker om livets opprinnelse, enhetens tid og rom, den kirgisiske folks historie, solidaritet og ildstedet og hjemmet.
