Comayagua, by, vest-sentrale Honduras, på høyre bredd av elven Humuya i en fruktbar dal.
Byen ble grunnlagt i 1537 som Valladolid de Santa María de Comayagua, og fungerte som den spanske koloniale hovedstaden i Honduras-provinsen. En variant av navnet Comayaguela brukes til regjeringsdistriktet Tegucigalpa. Det led skade i 1800-tallets politiske omveltninger i Honduras og i rivalisering med Tegucigalpa for stillingen som nasjonal kapital, men først i 1880 ble hovedstaden endelig overført til Tegucigalpa. Byen fikk også skader fra flere jordskjelv og gjentatte branner.
Kolonibygninger inkluderer en bemerkelsesverdig spansk barokk katedral (1715), fire kirker fra 1500-tallet og et tidligere universitet - det første i Mellom-Amerika, grunnlagt i 1632. Comayagua produserer legemidler, sko, harpiks, sementprodukter og keramikk; Det er det kommersielle senteret for Vest-Honduras. Det nasjonale landbrukssenteret ligger i byen. Mye av sentrum, inkludert katedralen og sentrale parken, er blitt renovert for å gjenopprette byens koloniale atmosfære og unike sjarm.
Inter-Oceanic Highway passerer gjennom byen. Comayagua har også et flyplass, som ble oppgradert på begynnelsen av 1980-tallet til en militær flybase. Rett utenfor Comayagua ligger Palmerola, den viktigste amerikanske militærbasen i Honduras, som deles med Honduras luftvåpen. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92.883.
