John Cotton, (født 4. desember 1585, Derby, Derbyshire, Eng. - døde 23. desember 1652, Boston, USA.), Innflytelsesrik New Puritan-leder som fungerte hovedsakelig som "lærer" for First Church of Boston (1633–52) etter å ha sluppet unna forfølgelsen av nonconformists av Church of England.
Cotton ble utdannet ved Trinity College, Cambridge, og ble sokneprest for sognekirken St. Botolph's i Boston, Lincolnshire, i 1612 og forble i det stillingen i 21 år. I løpet av denne tiden ble han gradvis mer puritansk i sitt syn, og han sluttet å observere visse anglikanske religiøse ritualer i utførelsen av sine oppgaver. I 1632 ble det iverksatt rettslige skritt mot ham for hans ikke-konformisme, og i juli 1633 emigrerte han til Massachusetts Bay Colony, hvor han ble ”lærer” i First Church of Boston, og ble fortsatt til hans død. Hans popularitet i kolonien var ubegrenset, og hans innflytelse i både sivile og kirkelige anliggender var sannsynligvis større enn for noen annen minister i det teokratiske New England.
Cotton skrev flere arbeider som utgjør en uvurderlig utstilling av New England Congregationalism, inkludert The Way of the Churches of Christes in New England (1645) og The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Katekismen han skrev, Milk for Babes, Drawn from the Breasts of Both Testaments (1646), ble mye brukt i mange år i New England til religiøs instruksjon av barn.
