Jan Masaryk, i sin helhet Jan Garrigue Masaryk, (født 14. september 1886, Praha, Böhmen, Østerrike-Ungarn [nå i Tsjekkia] - død 10. mars 1948, Praha, Tsjekkia.), Statsmann og diplomat som fungerte som utenlandsk statsråd i både den tsjekkoslovakiske emigrasjonsregjeringen i London under andre verdenskrig og den etterkrigslige koalisjonsregjeringen i Tsjekkoslovakia.
Sønnen til statsmannen Tomáš Masaryk, Jan tjenestegjorde i et ungarsk regiment under første verdenskrig, gikk inn i utenrikskontoret til det nylig uavhengige Tsjekkoslovakia i 1919, og tjenestegjorde i Washington, DC og London før han ble sekretær for utenriksministeren Edvard Beneš i 1921. Fra 1925 til 1938 var Masaryk ambassadør i Storbritannia. Under andre verdenskrig var han utenriksminister for det tsjekkoslovakiske emigréregimet i London. En ledende talsmann for den regjeringen, Masaryk sendte krigstidssendinger til okkuperte Tsjekkoslovakia, utgitt på engelsk i 1944 under tittelen Speaking to My Country, og ble en populær skikkelse hjemme. Ved å beholde porteføljen til utenriksminister etter regjeringens tilbakekomst til Praha i 1945, fulgte han Beneš til Moskva og deltok også i innvielsen av FN i San Francisco. Han var overbevist om at Tsjekkoslovakia må forbli vennlig mot Sovjetunionen, og han ble sterkt skuffet over det sovjetiske vetoet om Tsjekkoslowakas aksept av USAs gjenoppbyggingsstøtte etter Marshall-planen.
På forespørsel fra president Beneš forble Masaryk på sin stilling etter den kommunistiske overtakelsen av 25. februar 1948, men noen uker senere begikk han enten selvmord ved å kaste seg ut av et vindu på utenrikskontoret eller ble myrdet ved å bli kastet ut.
