Imre Thököly, (født 25. september 1657, Késmárk, Royal Ungarn [nå Kežmarok, Slovakia] - død 13. september 1705, İzmit, Det osmanske riket [nå i Tyrkia]), ungarske patriot, leder av de ungarske protestantene i deres kamp mot østerrikske Habsburg-styre.
Spion av en rik protestantisk familie, Thököly flyttet til Transylvania etter at faren ble henrettet for å ha hatt en rolle i de ungarske magnatenes sammensvergelse mot Habsburg-keiseren Leopold I (1670). Hans familieegenskaper ble sekvestert, han ledet senere den ungarske protestantiske motstanden mot den fortsatt undertrykkende Habsburg-politikken og ble i 1680 valgt til sjef for sjef for malcontentene. Hjulpet av keiserens opptatthet av det fiendtlige Frankrike og støttet av de osmanske tyrkerne og prinsen av Transylvania, overskred Thököly store deler av øvre Ungarn og tvang Leopold til å gjenopprette ungarske friheter (traktaten om Sopron, 1681) og å anerkjenne sin egen kvasi-suverenitet i nord Ungarn. Han gjenopptok imidlertid snart fiendtlighetene mot keiseren, men allierte seg med tyrkerne og tok tittelen som prins over sine egne dominanser. I 1683 slo han seg sammen med tyrkerne i deres siste forsøk på å ta Wien. Beleiringen ble imidlertid avvist, og Thökölys formuer kollapset med de av hans tyrkiske allierte. Opprøret hans ble knust, festningene hans tatt til fange og kona tatt i varetekt til Wien. Hans formuer gjenopplivet kort tid i 1690, da han ble installert av tyrkerne som fyrste av Transylvania og beseiret de keiserlige kreftene i Zernest (august 1690), men etter Carlowitz-traktaten (1699) ble ottomansk innflytelse betydelig redusert og Thököly ble tvunget å tilbringe de resterende årene i eksil i Tyrkia.
