Flagget ble adoptert av Territorial Council i 1967. Dets ulik vertikale striper blir referert til som en "kanadisk blek" fordi de tilsvarer de i det canadiske nasjonale flagget. (I heraldikk er en blek en sentral vertikal stripe på et skjold, som vanligvis dekker en tredjedel eller mindre av området.) Den grønne stripen i Yukon-flagget er for territoriets skoger, mens den blå er for elver og innsjøer; hvitt er for arktisk snø. Det sentrale emblemet er det offisielle Yukon våpenskjoldet, som ble gitt til territoriet 24. februar 1956, etter kongelig garanti. Dette våpenskjoldet ble designet av kommandør Alan B. Beddoe, mens flagget var konseptet til Mr. Lynn Lambert, student ved Haines Junction.
Kammen i våpenskjoldet har en Malamute-hund, som ble mye brukt i åpningen av det mineralrike Yukon-territoriet til europeisk bolig. Den bølgende vertikale stripen på skjoldet står for Yukon-elven, de røde trekantene antyder fjell, og gullskivene refererer til gull og andre mineraler. St. George's Cross (av England), pluss det heraldiske symbolet for pels og territoriell blomst (ildstedet), fullfører våpenskjennet.
