Under FNs tillitssystem satt opp etter andre verdenskrig, hadde franskmennene en forpliktelse til å føre Togo mot selvstyre. Et lokalt flagg ble adoptert i 1956, kort tid før landet ble gjort til en autonom republikk i Den franske union. Flaggens grønne bakgrunn sto for landbruk, håp og ungdom; den franske Tricolor i det øvre heise hjørnet var en påminnelse om fransk overherredømme. To gule fempunkede stjerner, anordnet på en tenkt diagonal linje som løper fra den nedre heisen til den øvre flue, henviste til kystslettene i sør og savannene i nord, "forent i kjærlighet til orden og arbeidskraft."
27. april 1960 ble Togo uavhengig under et helt nytt flagg; den reduserte de to stjernene til en for å understreke nasjonal enhet. Flaggens fem grønne og gule striper tilsvarer landets administrative regioner, mens disse fargene er en påminnelse om at det overveldende flertallet av befolkningen er avhengig av landet for dets næring (grønt) og sin egen arbeidskraft for utvikling (gul). Den røde kantonen sies å stå for kjærlighet, troskap og veldedighet, mens den hvite stjernen er assosiert med renhet. De samme pan-afrikanske rødgulgrønne fargene ble valgt av flere andre land som fikk uavhengighet rett før eller etter Togo.
