Frigjøringskampen i Tanganyika ble ledet av Tanganyika African National Union, hvis flagg var en horisontal trikolor av grønn-svart-grønn. Valg bekreftet den overveldende folkelige støtten til organisasjonen, og britiske myndigheter foreslo å endre partiflagget for bruk som et nasjonalt flagg etter uavhengighet 9. desember 1961. Gule fimbriasjoner ble lagt til på det tidspunktet.
Under arabisk styre hadde Zanzibar lenge fløyet et rødt flagg, men et svart afrikansk regime kom til makten 12. januar 1964, under et flagg av svart, gult og blått. Den påfølgende måneden innførte det regjerende Afro-Shirazi-partiet et nytt nasjonalflagg som ligner sitt eget. De horisontale blå-svartgrønne stripene sto for henholdsvis havet, folket og landet, mens en smal hvit vertikal stripe ved heisen var for fred.
I april 1964 forente landene Tanganyika og Zanzibar seg, og i begynnelsen av juli ble flaggtradisjonene deres smeltet sammen for å opprette det nye nasjonale flagget Tanzania. Flaggfargene ble innlemmet diagonalt for egenart. Flertallet av landet er symbolisert av den svarte stripen, mens grønt antyder de rike jordbruksressursene i landet. Mineralformue gjenspeiles i de smale gule grensene, mens Det indiske hav symboliseres av blått. Etter at Zanzibar forente seg med Tanganyika, fortsatte Zanzibar-flagget likevel å bli brukt lokalt på disse øyene.
