Det første statsflagget, adoptert i 1893 og designet av fru Edward H. Center, hadde på motsatt side et hvitt felt med forseglingen, statens navn og 19 gullstjerner som symboliserte Minnesota som den 19. staten som fulgte den opprinnelige 1. 3; baksiden av flagget var vanlig blått. Dette flagget ble lite brukt, delvis fordi designet ikke var lett å produsere i mengder. 19. mars 1957 ble et nytt design opprettet; bakgrunnen til flagget, som for mange andre statlige flagg, var fremover blått på begge sider. Den sentrale utformingen fra det opprinnelige flagget fra 1893 dukket opp i sirkulær form på begge sider av det nye flagget.
1. august 1983 ble det gjort endringer i statsforseglingen. Tidligere hadde den amerikanske indianeren i seglingen blitt vist på flukt fra et landlig landskap der en bonde pløyet mens musketten og pudderhornet hvilte i nærheten. Den reviderte designen inkluderer fortsatt den monterte indianeren og de andre symbolene, men den unngår det opprinnelige antydningen om at sivilisasjonens fremrykk krever at landets opprinnelige innbyggere er avgang. Også igjen i selet er representasjoner av St. Anthony Falls, en solnedgang og en grense av damens tøflerblomster sammen med datoene for den første europeiske bosetningen i Minnesota (1819), dens opptak til statsskap (1858) og adopsjonen av det første statsflagget. Statens motto, “L'Étoile du nord” (“Nordstjernen”), vises på et rødt bånd. (Før Alaska ble tatt opp til unionen, var Minnesota den nordligste staten.)
