Det afrikanske partiet for uavhengighet av Guinea og Kapp Verde (PAIGC) fant klar støtte i de portugisiske koloniene for sitt budskap om sosial og økonomisk fremgang gjennom politisk revolusjon. I 1961 adopterte den et flagg som var noe likt de i de nærliggende uavhengige landene Guinea og Ghana, som deretter diskuterte en fremtidig føderasjon av vestafrikanske land. Til deres pan-afrikanske rød-gulgrønn la frigjøringsbevegelsen for Guinea-Bissau en svart stjerne på heistripen. Den stripen og stjernen tilsvarte geografisk den vestlige kystregionen med hovedstaden Bissau (hvor det nasjonale navnet ble avledet). De horisontale stripene i den gjenværende delen av flagget og deres gule og grønne farger tilsvarte omtrent som savannene i nord og skogene i sør.
Offisielt ble den svarte stjernen sagt å være et symbol på PAIGC-ledelse, og dens farge refererte til det afrikanske folket og deres vilje til å leve i verdighet, frihet og fred. Gult ble tolket som et symbol på høsting og fruktene av arbeid, både i jordbruket og ellers. Green minnet om de enorme junglene og jordbrukslandene, som ga et levebrød for de aller fleste borgere. Partiflagget innlemmet også initialene PAIGC, utelatt da uavhengighet ble utropt den 24. september 1973. Portugal anerkjente ikke Guinea-Bissau eller dets flagg før etter sin egen revolusjon i 1974; Likevel var store deler av Guinea-Bissau allerede under kontroll av PAIGC og flagget. Kapp Verde forlot til slutt den marxistiske politikken til PAIGC og endret det nasjonale flagget, men Guinea-Bissau beholder det opprinnelige designet.
