På slutten av 1800-tallet søkte europeiske makter å utvide kontrollen innover fra kystområdene de tidligere hadde grepet i Sentral-Afrika. Under kontrollerende innflytelse av kong Leopold II av Belgia ble Association Internationale Africaine opprettet, som proklamerte den uavhengige staten Kongo (eller Kongo-fristaten) i 1885. Flagget, datert fra 1877, var blått med en gullstjerne som symboliserer en skinner lys i "Dark Continent." USA var de første som anerkjente staten og dets flagg. 30. juni 1960 ble dens etterfølgerstat (det belgiske Kongo) et uavhengig land, og seks gule stjerner ble lagt langs heisen av flagget for å representere de seks provinsene. Da antall provinser ble endret i 1963, ble det første flagget erstattet av et med en gulkantet rød diagonal stripe og i det øvre heisehjørnet en større gul stjerne (flaggdesignet ble litt endret i 1966).
I 1971 endret president Mobutu Sese Seko navnet på landet til republikken Zaire og opprettet et nytt nasjonalflagg - et grønt felt med en gul skive med en arm og en fakkel. Mobutus regime ble styrtet i 1997 av en revolusjonær koalisjon under ledelse av Laurent Kabila, en beundrer av den første statsministeren i det uavhengige Kongo, Patrice Lumumba. Kabila beordret Lumumbas flagg til å erstatte det fra Zaire fra 17. mai 1997. Den nyrestaurerte designen korresponderte ikke lenger i sin symbolikk med de administrative realitetene, siden den hadde seks stjerner og landet hadde åtte provinser. Ikke desto mindre husket den for kongoleserne gjenopprettelsen av deres opprinnelige håp og prinsipper fra uavhengighetstidspunktet i 1960.
Kabilas sønn Joseph ble president etter mordet på faren i 2001. Etter at den yngre Kabila hadde brakt et mål av stabilitet til landet, utropte han landets "tredje republikk" 18. februar 2006. Nasjonalflagget fra 1963–66 igjen ble offisiell, selv om feltet var en lysere nyanse av blått.
