Som erkebiskop
I nesten ett år etter Theobalds død var utsikten til Canterbury ledig. Thomas var klar over kongens intensjon og prøvde å avskrekke ham ved advarsler om hva som ville skje. Henry vedvarte og Thomas ble valgt. Når han var innviet, forandret Thomas både syn og livsstil. Han ble hengiven og streng og omfavnet det integrerte programmet for pavedømmet og dets kanonlov. Denne spektakulære forandringen har forvirret historikere, og flere forklaringer er forsøkt: At Thomas var beruset av sin ambisjon om å dominere, eller at han kastet seg som tidligere, inn i en del han hadde sagt ja til å spille. Det er enklere å anta at han til slutt aksepterte de åndelige forpliktelsene han hadde ignorert som kansler og forvandlet til en ny kanal hans blandede energi, karakterkraft, impetuøsitet og glede. Til stor glede for Henrys misnøye trakk han seg kansellerskapet umiddelbart, men klamret seg fast til erkestyret inntil han ble tvunget av kongen til å trekke seg.
Henry hadde vært i Normandie siden august 1158, og da han kom tilbake i januar 1163 begynte Thomas kampen med å motsette seg et skatteforslag og ekskommunisere en ledende baron. Mer alvorlig var hans holdning til "kriminelle funksjonærer." I Vest-Europa hadde anklagede geistlige i lengre tid hatt glede av privilegiet å stille rettssak for biskopen i stedet for sekulære domstoler og fikk vanligvis mildere straff enn lekdommer ville vurdert. I England før Norman-erobringen var dette fortsatt skikken. Hvis de ble funnet skyldige i en kirkelig domstol, kan geistlige bli fornedret eller eksilert, men var ikke dødsulykke eller lemlestelse. I 60 år etter den normanniske erobringen høres det lite om geistlig kriminalitet eller dens straff, mens på kontinentet hadde gregorianske reformatorer en tendens til å understreke kirkens enerett til å prøve å straffe funksjonærer i større ordre. Thomas sin stilling til at en skyldig kontorist kunne bli degradert og straffet av biskopen, men ikke bør straffes igjen med lekmakten - "ikke to ganger for den samme feilen" - var kanonisk diskutabel og til slutt seiret. Henrys påstand om at geistlig kriminalitet var utbredt, og at den ble oppmuntret av fravær av drastiske straffer, berømmer seg for moderne lesere som en rettferdig. Men det må huskes at kongens motiver var autoritære og administrative snarere enn opplyste. Likevel kan det tenkes at Thomas ble dårlig rådgivet i sin stive stilling på dette punktet.
Problemstillingen ble slått sammen i et råd i Westminster (oktober 1163), men krisen kom i Clarendon (Wiltshire, januar 1164), da kongen krevde et globalt samtykke til alle tradisjonelle kongelige rettigheter, redusert til å skrive under 16 hoder og kjent som den Konstitusjoner av Clarendon. Disse hevdet kongens rett til å straffe kriminelle funksjonærer, forbød ekskommunikasjon av kongelige embetsmenn og appeller til Roma, og ga kongen inntektene fra ledige ting og makt til å påvirke biskopsvalg. Henry var berettiget til å si at disse rettighetene hadde blitt utøvd av Henry I, men Thomas var også berettiget til å opprettholde at de strider mot kirkeretten. Etter å ha muntlig akseptert grunnlovene om Clarendon, trakk Thomas tilbake samtykket og appellerte til paven, da i Frankrike, som støttet ham mens han avskrev bunnhøsten.
Krangel med Henry
Gode forhold mellom Thomas og Henry var nå slutt. Erkebiskopen ble innkalt til rettssak av kongen på et punkt med føydal forpliktelse. På Council of Northampton (6. – 13. Oktober 1164) var det tydelig at Henry hadde til hensikt å ødelegge og fengsle eller tvinge erkebiskopens fratredelse. I dette ble han oppmuntret av noen av biskopene, blant dem Gilbert Foliot, biskop i London. Thomas flyktet i forkledning og tok tilflukt hos Louis VII av Frankrike. Pave Alexander III mottok ham med ære, men nølte med å handle avgjørende i hans favør i frykt for at han kunne kaste Henry i armene til den hellige romerske keiser Frederick I og hans antipop, Paschal III.
Thomas eksil varte i seks år (2. november 1164 - 2. desember 1170). Han fikk selskap av mange av hans fremtredende husholdning og bodde asetetisk, først i Pontigny Abbey og deretter, da Henry truet munkene, i en kloster nær Sens. Henry hadde i mellomtiden grepet eiendommene til erkebiskopen og hans støttespillere og hadde forvist alt Thomas nær slektninger. I de påfølgende årene ble det gjort flere abortforsøk på forsoning, men nye fiendtlige handlinger fra kongen og erklæringer om ekskommunikasjon kastet av Thomas mot hans motstandere forherret kampene.
Biskopene var splittet, men et flertall av dem, ledet av Foliot, var enten fiendtlige mot Thomas eller nølte med å støtte ham. Pavelige legater mer enn en gang forsøkte å megle, og kongen og erkebiskopen kom sammen i Montmirail i 1169, bare for å skille seg i sinne. Thomas mistillit kongen og ble på sin side hatet av ham. Samme år la Henry ut tillegg til grunnlovene om Clarendon, og trakk England nesten fra pavelig lydighet. Til slutt, i 1170, fikk han sin eldste sønn kronet som medkonge av erkebiskopen av York, Beckets gamle rival.
Dette var et markant brudd på pavelig forbud og Canterburys uminnelige rett til å krone kongen. Thomas, fulgt av paven, ekskommuniserte alle ansvarlige. Henry fryktet en interdik for England, møtte Thomas på Fréteval (22. juli), og det ble enighet om at Thomas skulle returnere til Canterbury og motta alle eiendelene til hans se. Ingen av partene trakk seg fra sin stilling angående grunnlovene om Clarendon, som ved denne anledningen ikke ble nevnt. Dette ”åpne” konkordatet har forblitt en uforklarlig hendelse. Thomas vendte tilbake til Canterbury (2. desember) og ble mottatt med entusiasme, men ytterligere ekskommunikasjon av de fiendtlige kongelige tjenere, nektelse av å løfte ekskommunikasjonen til Roger fra York og Foliot, og hans klare aksept av tumult anerkjennelse av folkemengdene forstyrret Henry i Normandie.
