På 1980- og 90-tallet gjennomgikk Det sixtinske kapell en lang og forseggjort restaureringsordning sponset av et japansk TV-selskap og utført av topp italienske og internasjonale eksperter. Rensingen fjernet århundrer med skitt, støv og stearinlys fra freskomaleriene og avslørte uventet strålende farger som delvis motsier de berømte skulpturelle egenskapene til Michelangelos mesterverk. En heftig kontrovers - med mange restauratører, kunsthistorikere og eksperter på beslektede felt - omringet prosjektet helt fra starten. Debatten sentrerte seg om ett hovedspørsmål: hadde Michelangelo, som dagens freskomalere, modifisert den ferdige fresken hans med secco (tørr) maling etter at gipsen hadde tørket? (Fresco malere gjorde dette vanligvis som et middel til å rette opp feil, foredle verkene sine og anvende pigmenter som ikke kunne tåle kontakt med vann.) Og i så fall, hadde restauratørenes fjerning av hvert lag ned til det freske pusset forfalsket kunstnerens intensjoner ? I dette tilfellet ser skyggen, korreksjonene og limene som fjernes av restauratører ut til å ha vært et resultat av tidligere restaureringskampanjer. Mens kontinuiteten til det sistinske kapellets gjenoppretting ofte diskuteres, synes ikke kunstkonservatorene det er noe problem.