Trentrådet.
I mai 1536 publiserte pave Paul en konvokasjonsbull for sitt foreslåtte råd å bli holdt i Mantua. Han autoriserte også en valgt gruppe kardinaler til å utarbeide en rapport om overgrepene i kirken. Guidet av kardinal Gasparo Contarini fordømte denne gruppen ordinasjonen av dårlig forberedte prester, utvelgelsen av inkompetente biskoper, akkumulering av goder og dekadensen av de religiøse ordrene, forkynnelsen og omsorgen for sjeler. Rapporten falt imidlertid i protestantiske hender og ble brukt av Luther i et voldelig angrep på den romerske kirke og pavedømmet. Likevel forfulgte paven sine planer om å holde rådet, planlagt å åpne 23. mai 1537, på Mantua. Med uendelig tålmodighet prøvde Paulus å overvinne motstanden fra keiser, konger, prelater og fyrster, ved å proroguere og utsette rådets åpning igjen og igjen i løpet av ni år, men lyktes til slutt å få den innviet av sin legat, kardinal Giovanni del Monte, i Trent 13. desember 1545.
I hevd på protestantenes samstemthet insisterte keiseren på at rådet hovedsakelig begrenser seg til å håndtere disiplin og reform. Likevel var pavens beslutning om at læresaker ble gitt forrang, og i Trentrådets tidlige sesjoner hamret det ut vedtekter om Skriftens kanon, opprinnelige synd, rettferdiggjørelse og sakramenter, samt om reform. Frykt for pesten og trusselen om et angrep fra væpnede protestantiske styrker forårsaket paven til å godta rådets overføring til Bologna i februar 1548. Men keiseren forbød de spanske og tyske prelatene å dra til Bologna, og paven måtte suspendere rådet 17. september 1549. Likevel hadde denne første fasen av Trentrådet oppnådd et betydelig skritt fremover, noe som førte til en grundig reform av Kirkens lære og disiplin.
Gjennom hele pontifikatet sitt besøkte pave Paul ofte vanskelighetssteder i de pavelige statene og utenfor. Han var i Civitavecchia i 1535 og 1537; besøkte Lucca og Piacenza på vei til Nice i 1538; dukket opp i Perugia for å stille byen etter at styrkene hans brøt Colonna-familiens makt i 1540; og i 1543 besøkte Bologna på vei til Busseto for å møte keiseren.
