John Mackenzie, (født 30. august 1835, Knockando, Moray County, Scot. — Død 23. mars 1899, Kimberley, Cape Colony [nå i Sør-Afrika]), britisk misjonær som var en konstant mester for rettighetene til afrikanere i sør Afrika og en talsmann for britisk inngripen for å begrense spredningen av Boerinnflytelse, spesielt over landene til Tswana (“Bechuana” i eldre variantortografi).
Mackenzie, medlem av London Missionary Society (nå Council for World Mission), dro til Sør-Afrika i 1858 og begynte sitt misjonsarbeid på Kuruman (nå i Sør-Afrika) og fortsatte i Tswana-områdene kjent som Bechuanaland. Plaget av de økende inngrepene på Tswana-territoriene av Boere fra Transvaal-republikken i øst, var han aktiv fra 1867 i forsøk på å få Storbritannia til å erklære et protektorat over Tswana-territoriene og hevdet at britene ville ivareta afrikanske rettigheter fra Boerrasisme. I 1884 ble det erklært et protektorat over de sørlige Tswana-territoriene, kjent som British Bechuanaland (nå i Nord-Sør-Afrika), med Mackenzie som sin nestleder. Han mistet denne jobben for Cecil Rhodes i 1885, men ble værende i politikken og beholdt stor innflytelse. Senere samme år deltok han i Warren-ekspedisjonen, noe som resulterte i at Tswana-landene nord for Britisk Bechuanaland ble erklært Bechuanaland-protektoratet (nå Botswana). I 1889 trakk han seg for å gjenoppta misjonærvirksomheten.
