John Howard Northrop, (født 5. juli 1891, Yonkers, NY, USA — død 27. mai 1987, Wickenberg, Ariz.), Amerikansk biokjemiker som mottok (sammen med James B. Sumner og Wendell M. Stanley) Nobelprisen for kjemi i 1946 for vellykket rensing og krystallisering av visse enzymer, og dermed gjort det mulig for ham å bestemme deres kjemiske natur.
Northrop ble utdannet ved Columbia University, hvor han fikk sin doktorgrad i kjemi i 1915. I første verdenskrig var han kaptein i US Army Chemical Warfare Service.
Under første verdenskrig forsket Northrop på gjæringsprosesser som var egnet for industriell produksjon av aceton og etylalkohol. Dette arbeidet førte til en studie av enzymer som er viktige for fordøyelse, respirasjon og generelle livsprosesser. På den tiden var den kjemiske naturen til enzymer ukjent, men gjennom sin forskning kunne Northrop konstatere at enzymer overholder lovene om kjemiske reaksjoner. Han krystalliserte pepsin, et fordøyelsesenzym som var tilstede i magesaft, i 1930 og fant ut at det er et protein, og løste dermed tvisten om hva enzymer er. Ved å bruke de samme kjemiske metodene isolerte han i 1938 det første bakterievirus (bakteriofag), som han viste seg å være et nukleoprotein. Northrop bidro også til å isolere og tilberede i krystallform pepsins inaktive forløper pepsinogen (som omdannes til det aktive enzymet gjennom en reaksjon med saltsyre i magen); fordøyelsesenzymer i bukspyttkjertelen trypsin og chymotrypsin; og deres inaktive forløpere trypsinogen og chymotrypsinogen.
Northrop var først assistent ved og deretter medlem av Rockefeller Institute for Medical Research i New York City fra 1916 til han gikk av i 1961, da han ble professor emeritus. Han var også gjesteprofessor i bakteriologi og biofysikk ved University of California i Berkeley (1949–58). Hans bok Crystalline Enzymes (1939) var en viktig tekst.
