Som en del av det USA-administrerte Trust Territory of the Pacific Islands (TTPI), var Palau under flaggene til De forente nasjoner, USA og Trust Territory. Lokalt ønske om en egen stat og regjering ble realisert 1. januar 1981, og et palauansk flagg ble heist ved den anledningen. En konkurranse hadde blitt avholdt i 1979 som resulterte i mer enn tusen forslag; den valgte ble opprettet av Blau Skebong og ble godkjent av den nye regjeringen 22. oktober 1980. Dette flagget er fortsatt i bruk i dag.
Den gyldne disken representerer månen, som har spesiell betydning for palauansk kultur. Fullmånen er tradisjonelt sett den beste tiden for fiske, beplantning og andre aktiviteter. Det sies å gi lokalbefolkningen "en følelse av varme, ro, fred, kjærlighet og hjemlig enhet." Flaggets bakgrunn er ikke, som forventet, et symbol på Stillehavet; snarere refererer det til "den siste passasjen fra den utenlandske administrerende myndigheten fra vårt land." Palau oppnådde ikke fullstendig uavhengighet før i oktober 1994, men det ble ikke gjort noen endring i flagget på det tidspunktet. Det originale flagget fra 1981 er bevart i Palau-museet i hovedstaden, Koror. Palauan-flagget ligner design i flagget fra Bangladesh, men de to har forskjellige farger og symboler.
