Moldova erklærte uavhengighet under første verdenskrig. På forskjellige tider i tidligere århundrer hadde det vært en del av Moldavia, Russland, Det osmanske riket og Romania, og symbolene er avledet fra historiske og kulturelle forbindelser med Moldavia og Romania. Flagget fra desember 1917 var den tradisjonelle rumenske trikoloren av blått, gult og rødt i horisontalt format. I sentrum var hodet til en aurochs, en utdødd europeisk okse. Dette flagget fløy bare kort fordi Moldova ble innlemmet i Romania i april 1918. Sovjetunionen skaffet Moldova i 1940, og etter tysk og rumensk okkupasjon gjennom 1944 ble den moldaviske sovjetiske sosialistiske republikken gjenopprettet. Det særegne flagget, som ble adoptert i 1952, la til en grønn horisontal stripe gjennom sentrum av den sovjetiske røde banneren. Green ble sagt å stå for vindyrking og annen landbruksaktivitet i området.
I 1989 var agitasjonen mot kommunistisk styre sterk i Moldova, og den blå-gulrøde rumenske trikoloren ble et populært symbol. Den erstattet offisielt det kommunistiske flagget i mai 1990. Moldovas nye våpenskjold, basert på tradisjonelle design, ble lagt til 3. november samme år: På brystet til en ørn er et skjold med en aurochs hode omgitt av en halvmåne, stjerne og blomst. Ørnen, som er et tradisjonelt emblem fra det rumenske territoriet Walachia, har en septer og en olivengren i klangene og et kors i nebbet. De røde, blå og gullfargene på skjoldet gjenspeiler den nasjonale trikoloren. Flagget forble offisielt etter Moldovas uavhengighet i 1991.
