Bosnia, med sin blandede etniske befolkning, utviklet aldri særegne nasjonale symboler. Under det kommunistledede Jugoslavia fra 1946 til 1991–92, for eksempel, brukte den sosialistiske republikken Bosnia og Herzegovina ganske enkelt et rødt banner med en liten versjon av det jugoslaviske nasjonale flagget i kantonen. Da uavhengighet ble utropt den 3. mars 1992, fantes det ikke noe flagg som var akseptabelt for landets bosniere, serbere og kroater. Den bosnisk-dominerte regjeringen vedtok derfor det den håpet ville være et nøytralt symbol fra fjern fortid. Den valgte våpenskjoldet som ble brukt av kong Stjepan Tomaš (regjert 1443–61), som det tilskrives den største middelalderske bosniske herskeren, Tvrtko I (1377–91). Det blå skjoldet med en hvit diagonal stripe som skiller seks gyldne fleurs-de-lis ble plassert i midten av et hvitt flagg. Den kunstneriske gjengivelsen, offisielt adoptert 4. mai 1992, ble opprettet av Zvonimir Bebek.
Dette flagget ble avvist av mange kroater og serbere da nasjonen gled inn i borgerkrig. Fredsavtaler undertegnet i Dayton, Ohio, USA, anerkjente i slutten av 1995 delingen av landet mellom den serbiske republikken og Føderasjonen Bosnia og Hercegovina, ofte kalt den kroatisk-muslimske føderasjonen. Hver stat hadde sine egne symboler, og kroatene fortsatte å bruke det kroatiske flagget i stedet for føderasjonsflagget, men republikkens flagg fra 1992 ble fremdeles anerkjent internasjonalt.
Avtalene fra 1995 etterlyste en eventuell opprettelse av et flagg for å erstatte designen fra 1992, men den nasjonale lovgiveren var ineffektiv i denne forbindelse. Dermed opprettet FN et nytt flagg (4. februar 1998) som ikke symbolsk kunne knyttes til en enkelt etnisk, religiøs eller politisk gruppe.
