Den mongolske invasjonen
Mongolernes invasjon av Russland hadde katastrofale effekter på den russiske sivilisasjonens fremtid, men kirken overlevde, både som den eneste enhetlige sosiale organisasjonen og som den viktigste bæreren av den bysantinske arven. "Storbyen Kiev og hele Russland", som ble utnevnt fra Nicaea eller fra Konstantinopel, var en stor politisk makt, respektert av mongolske khansere. Unntatt fra skatter betalt av de lokale prinsene til mongolene og bare rapportert til sin overordnede (den økumeniske patriarken), fikk sjefen for den russiske kirken en enestående moralsk prestisje - selv om han måtte forlate katedralen i Kiev, som var ødelagt av mongolene. Han beholdt den kirkelige kontrollen over enorme territorier fra Karpaterfjellene til Volga-elven, over det nyopprettede bispedømmet av Sarai (nær Kaspiske hav), som var hovedstaden i mongolene, samt over de vestlige fyrstedømmer i det tidligere Kievan imperium - selv etter at de lyktes med å vinne uavhengighet (f.eks. Galicia) eller falt under politisk kontroll av Litauen og Polen.
Kristendom: Kunst og ikonografi
fremdeles hersker i den østlige ortodokse kirken i det 21. århundre.
Forsøk på kirkelig forening og teologisk renessanse
I 1261 gjenerobret den nikanske keiseren Michael Palaeologus Konstantinopel fra latinerne, og en ortodoks patriark okkuperte igjen utsikten i Hagia Sophia. Fra 1261 til 1453 presiderte det arkeologiske dynastiet et imperium som var embattert fra alle sider, revet i stykker av borgerkrig, og gradvis krympet til selve grensene for den keiserlige byen. Kirken beholdt i mellomtiden mye av sin tidligere prestisje, og utøvde jurisdiksjon over et mye større territorium, som inkluderte Russland så vel som det fjerne Kaukasus, deler av Balkan og de enorme regionene okkupert av tyrkerne. Flere patriarker fra denne sene perioden - f.eks. Arsenius Autorianus (patriark 1255–59, 1261–65), Athanasius I (patriark 1289–93, 1303–10), John Calecas (patriark 1334–47) og Philotheus Coccinus (patriarch 1353 –54, 1364–76) - viste stor uavhengighet fra den keiserlige makten, men forble trofast mot idealet til den bysantinske oikoumenē.
Uten militært støtte fra et sterkt imperium var selvfølgelig patriarkatet til Konstantinopel ikke i stand til å hevde sin jurisdiksjon over kirkene i Bulgaria og Serbia, som hadde fått uavhengighet i løpet av dagene under den latinske okkupasjonen. I 1346 utropte den serbiske kirken til og med seg et patriarkat; en kortvarig protest av Konstantinopel endte med anerkjennelse i 1375. I Russland var det bysantinske kirkelige diplomatiet involvert i en voldelig sivil strid. En hard konkurranse oppsto mellom de store prinsene i Moskva og Litauen, som begge ønsket å bli ledere for en russisk stat frigjort fra det mongolske åket. Nå var "storbyen Kiev og hele Russland" bosatt i Moskva, og som i tilfelle av storbyen St. Alexis (1354–78) spilte han ofte en regjerende rolle i den muskovittiske regjeringen. Den kirkelige støtten fra Moskva av kirken var avgjørende for muskovittenes endelige seier og hadde en markant innvirkning på senere russisk historie. De misfornøyde vest-russiske fyrstendighetene (som senere skulle utgjøre Ukraina) kunne bare oppnå - med sterk støtte fra deres polske og litauiske overherrer - den midlertidige utnevnelsen av separate metropolitere i Galicia og Hviterussland. Til slutt, sent på 1300-tallet, sentraliserte storbyen som var bosatt i Moskva igjen kirkelig makt i Russland.
Forhold til den vestlige kirke
En av de viktigste årsakene bak denne maktkampen i det nordlige området av den bysantinske verden var problemet med forbindelsene til den vestlige kirke. For de fleste bysantinske kirkemenn syntes den unge muskovittiske fyrstedømmet å være et tryggere bolverk av ortodoksi enn de vestlige orienterte fyrster som hadde underkastet seg det romersk-katolske Polen og Litauen. Et viktig politisk parti i Byzantium favoriserte også union med Vesten i håp om at et nytt vestlig korstog kunne bli gjort mot de truende tyrkerne. Problemet med den kirkelige foreningen var faktisk den mest brennende saken i hele den arkeologiske perioden.
Keiser Michael Palaeologus (1259–82) måtte møte den aggressive ambisjonen fra den sicilianske normannekongen Charles av Anjou, som drømte om å gjenopprette det latinske imperiet i Konstantinopel. For å få verdifull støtte fra pavedømmet mot Charles, sendte Michael en latin-inspirert bekjennelse av tro til pave Gregor X, og hans delegater godtok union med Roma i Lyons Council (1274). Denne kapitulasjonen før Vesten, sponset av keiseren, vant liten støtte i kirken. I løpet av sin levetid lyktes Michael med å pålegge Konstantinopel kirke en østkatolsk patriark, John Beccus, men ved Michaels død fordømte et ortodoks råd unionen (1285).
Gjennom 1300-tallet ble mange andre forsøk på å forhandle union innledet av bysantinske keisere. Det ble holdt formelle møter i 1333, 1339, 1347 og 1355. I 1369 ble keiser John V Palaeologus personlig konvertert til den romerske troen i Roma. Alle disse forsøkene ble initiert av regjeringen og ikke av kirken, av en åpenbar politisk grunn - dvs. håpet om vestlig hjelp mot tyrkerne. Men forsøkene brakte ingen resultater verken på det kirkelige eller på det politiske nivået. Flertallet av bysantinske ortodokse kirkemenn var ikke motstandere av ideen om forening, men mente at den bare kunne fås gjennom et formelt økumenisk råd der øst og vest skulle møtes på lik linje, slik de hadde gjort i de første århundrene av kirken. Rådets prosjekt ble fremmet med særlig konsistens av John Cantacuzenus, som etter en kort regjering som keiser (1347–54) ble munk, men fortsatte å utøve stor innflytelse på kirkelige og politiske hendelser. Ideen om et økumenisk råd ble opprinnelig avvist av pave, men den ble gjenopplivet på 1400-tallet med den midlertidige triumfen av forlikende ideer (som forfektet mer makt til råd og mindre til pave) i Vesten ved rådene i Constance og Basel. Utfordret med muligheten for at grekerne skulle forene seg med forlikerne og ikke med Roma, kalte pave Eugenius IV et økumenisk fagforbund i Ferrara, som senere flyttet til Firenze.
Rådet for Ferrara-Firenze (1438–45) varte i flere måneder og tillot lange teologiske debatter. Keiser John VIII Palaeologus, patriarken Joseph og mange biskoper og teologer representerte den østlige kirken. De godtok til slutt de fleste romerske posisjoner - Filioque-klausulen, skjærsilden (et mellomstadium for sjelens renselse mellom død og himmel) og den romerske forresten. Politisk desperasjon og frykten for å møte tyrkerne igjen, uten vestlig støtte, var den avgjørende faktoren som fikk dem til å plassere sine underskrifter om godkjenning på dekret om union, også kjent som Union of Florence (6. juli 1439). Hovedstaden Efesos, Mark Eugenicus, nektet alene å signere. Da de kom tilbake til Konstantinopel, ga de fleste andre delegater seg avkall på aksept av rådet, og det skjedde ingen vesentlig endring i forholdet mellom kirkene.
Den offisielle proklamasjonen om unionen i Hagia Sophia ble utsatt til 12. desember 1452. Imidlertid falt 29. mai 1453 Konstantinopel til de osmanske tyrkerne. Sultan Mehmed II forvandlet Hagia Sophia til en moske, og de få partisanene i unionen flyktet til Italia.
