Den dødeligste og mest ødeleggende krigen i menneskets historie krevde mellom 40 og 50 millioner liv, fordrev titusenvis av millioner mennesker og kostet mer enn 1 billion dollar for å straffeforfølge. De økonomiske kostnadene for USA alene var mer enn 341 milliarder dollar (omtrent 4,8 billioner dollar når det ble justert for inflasjon). Nesten en tredel av hjemmene i Storbritannia og Polen ble skadet eller ødelagt, og omtrent en femtedel av dem i Frankrike, Belgia, Nederland og Jugoslavia. I Tysklands 49 største byer var nesten 40 prosent av hjemmene alvorlig skadet eller ødelagt. I det vestlige Sovjetunionen var ødeleggelsene enda større.
De menneskelige kostnadene ved krigen kan knapt beregnes. Sivile befolkningssentre ble med vilje målrettet av både aksene og de allierte. Fly fra den amerikanske hærstyrken brente massevis av japanske byer til bakken med brannbomber før Hiroshima og Nagasaki ble ødelagt med atomvåpen. Japans tropper i Asia slaver rundt 200 000 kvinner til å fungere som sexarbeidere (“trøstekvinner”) og handlet ofte med en generell ignorering av menneskeliv, spesielt overfor fanger. Enhet 731 fra den keiserlige japanske hæren gjennomførte forferdelige medisinske eksperimenter på tusenvis av krigsfanger og sivile; menn og kvinner ble utsatt for kjemiske og biologiske stoffer og levet opp for å kartlegge resultatene.
Etter å ha blitt enige om en partisjon av Polen med Tyskland, slaktet sovjetene så mange som 20.000 polske krigsfanger ved Katyn. Molotov-Ribbentrop-pakten garanterte sovjetisk hegemoni over de baltiske statene, og titusenvis av mennesker ble drept eller urettferdig fengslet etter at sovjeterne invaderte Estland, Latvia og Litauen. Troppene fra den røde hæren brukte massevoldtekter som en terror taktikk da de avanserte inn i Tyskland; ved hjelp av medisinske poster og skriftlige forespørsler om aborter som datapunkter, anslått eksperter 100.000 kvinner til voldtekt i Berlin alene. Påstander om krigsforbrytelser utført av den røde armé ble imidlertid generelt henlagt av sovjeterne som vestlig propaganda. Da disse handlingene ble anerkjent, tilsto sovjetene at de var berettigede gitt behandlingen av sovjetiske sivile av Wehrmacht og SS-troppene.
Den institusjonelle omfanget av Det tredje rikets forbrytelser mot menneskeheten gjør det klart at Holocaust ikke bare var et biprodukt av nazistenes krigsinnsats, men et mål i seg selv. Hitler la det byråkratiske grunnlaget for masseødeleggelsen av europeiske jøder med T4-programmet, en målrettet "dødshjelp" -kampanje som forsøkte å rense Tyskland fra de svake eller funksjonshemmede. Disse menneskene - som spredte seg fra nyfødte til eldre - ble ansett som nutzlose Esser ("ubrukelige spiser") som inneholdt lebensunwerten Lebens ("liv uverdig for livet"), og de ble drept av titusenvis. T4-programmet beviste effektiviteten av gasskamre som redskaper for massemord, og de ble et sentralt element i den "endelige løsningen" foreslått av SS-tjenestemann Reinhard Heydrich i Wannsee 20. januar 1942:
En annen mulig løsning på problemet har nå tatt stedet for utvandring, dvs. evakuering av jødene til Østen, forutsatt at Führer gir riktig godkjenning på forhånd.
Disse handlingene er imidlertid bare for å anses som midlertidige, men praktisk erfaring er det allerede samlet inn noe som er av største betydning i forhold til den fremtidige endelige løsningen av det jødiske spørsmålet.
Omtrent 11 millioner jøder vil være involvert i den endelige løsningen av det europeiske jødiske spørsmålet
Det ble forstått av alle fremmøtte at "evakuering av jødene til øst" var en eufemisme for Vernichtung ("utslettelse") av millioner av mennesker. At Heydrich, Adolf Eichmann og folkemordapparatet de konstruerte, falt under målet om å "11 millioner jøder" skyldtes fremrykkende allierte hærer og ikke på mangel på innsats fra nazistenes side.
