Michael Haydn, i sin helhet Johann Michael Haydn, (døpt 14. september 1737, Rohrau, Østerrike - død 10. august 1806, Salzburg), en av de mest dyktige komponistene av kirkemusikk på det senere 1700-tallet. Han var den yngre broren til Joseph Haydn.
I likhet med broren, ble Michael Haydn en choirboy ved Stephansdom i Wien, og fikk sin tidlige musikalske instruksjon der. Han ble avskjediget fra kårskolen da stemmen hans brøt, og han tjente da et prekært liv som frilansmusiker. I 1757 ble han kapellmeister til biskopen av Grosswardein i Ungarn (nå Oradea, Rom.), Og i 1762 ble han konsertmester for erkebiskopen av Salzburg. Han forble i Salzburg som konsertmester resten av livet og etterfulgte Wolfgang Amadeus Mozart som katedralorganist i 1781.
I løpet av hans levetid ble Michael Haydn betraktet som en bedre komponist av kirkemusikk enn broren. Av de mange massene han skrev, er Missa a due cori (også kjent som Missa Hispanica; 1786) et fremragende verk for orkester og vokalsolister, og hans Requiem fra 1771 påvirket Mozarts eget berømte Requiem fra 1791. Haydn skrev også en rekke symfonier, divertimenti, og andre sekulære komposisjoner. Han var en intim venn av Mozart (som skrev sine fiolin-bratsj-duoer for å oppfylle et oppdrag Haydn var for syk til å fullføre) og var lærer av Carl Maria von Weber. Etter hans død led Haydns rykte en lang formørkelse, og det var først etter andre verdenskrig at hans fortjeneste ble anerkjent.
