Allegany, fylke, sørvest i staten New York, USA, grenser mot sør av Pennsylvania og omfatter en region med moderat lettelse. De viktigste vannveiene er Genesee River og Rushford og Cuba innsjøer. Offentlige landområder inkluderer Oil Spring Indian Reservation og delstatsområder for viltforvaltning ved Hanging Bog, Rattlesnake Hill og Keaney Swamp. De viktigste skogtyper er lønn, bjørk og bøk, med stativer av eik og hickory.
Indianere som bebod regionen var irakquoian-talende Seneca og Susquehannock (Susquehanna) stammer. De viktigste samfunnene er Wellsville, Alfred, Cuba og Belmont, som er fylkesetet. Fylket er hjemmet til Alfred University (grunnlagt 1836) og Houghton College (1883).
Fylket ble opprettet i 1806 og ble oppkalt etter Allegany-indianerne. Økonomien er avhengig av tjenester og produksjon. Område 1.068 kvadrat miles. Pop. (2000) 49,927; (2010) 48.946.